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Filmographie :
Courts métrages et clips
1971 : The Island of Doctor Agor
1979 : Doctor of Doom
1979 : Stalk of the Celery Monster
1982 : Vincent
1982 : Hansel et Gretel
1982 : Luau, coréalisé et coscénarisé avec Jerry Rees
1984 : Frankenweenie
1984 : Aladdin and His Wonderful Lamp (dans l'émission Shelley Duvall's Faerie Tale Theatre)
1985 : The Jar (dans l'émission Alfred Hitchcock présente)
2004 : vidéoclip Predictable de Good Charlotte
2006 : vidéoclip Bones de The Killers
2012 : vidéoclip Here with Me de The Killers
Longs métrages
1985 : Pee-Wee Big Adventure (Pee-wee's Big Adventure : The Story of a Rebel and his Bike)
1988 : Beetlejuice
1989 : Batman
1990 : Edward aux mains d'argent (Edward Scissorhands)
1992 : Batman : Le Défi (Batman Returns)
1994 : Ed Wood
1996 : Mars Attacks!
1999 : Sleepy Hollow : La Légende du cavalier sans tête (Sleepy Hollow)
2001 : La Planète des singes (Planet of the Apes)
2003 : Big Fish
2005 : Charlie et la Chocolaterie (Charlie and the Chocolate Factory)
2005 : Les Noces funèbres (Corpse Bride), coréalisé avec Mike Johnson
2007 : Sweeney Todd : Le Diabolique Barbier de Fleet Street (Sweeney Todd : The Demon Barber of Fleet Street)
2010 : Alice au pays des merveilles (Alice in Wonderland)
2012 : Dark Shadows
2012 : Frankenweenie
2014 : Big Eyes
2016 : Miss Peregrine et les Enfants particuliers (Miss Peregrine's Home for Peculiar Children)
2019 : Dumbo